二手房已过户但房款未付清的处理：卖方可向法院提起诉讼要求买方承担违约责任，需提供证据证明款项未付清。违约金过低的处理：当事人可向法院申请适当提高违约金数额，以违约造成的损失为依据计算。买卖二手房时房主不配合过户的处理：可协商解决，如协商不成可向法院提起诉讼要求履行合同或解除合同，并要求赔偿。根据最高法院解释，出卖人应在约定期限内办理房屋所有权登记，否则应承担违约责任。法律分析；一、二手房已过户但房款未付清的怎么处理。在房产已过户房款未付清的情况下，房屋的产权已发生了转移。因此，卖方可以通过向法院提起诉讼要求买方承担违约责任来维护自己的权益。但要注意的是，卖方需要有足够的证据证明房屋款项确未付清。《民法典》第二百零九条。