二手房已过户但房款未付清时，卖方可通过法律诉讼要求买方承担违约责任。对于约定的违约金过低的情况，当事人可申请提高违约金的数额，应以违约造成的损失为依据。若房主不配合过户，双方可协商解决，否则买家可向提起诉讼要求履行合同或解除合同，并赔偿损失。根据相关法律规定，出卖人应在约定的办理房屋所有权登记期限内履行义务，否则承担违约责任。法律分析；一、二手房已过户但房款未付清的要如何处理。在房产已过户房款未付清的情况下，房屋的产权已发生了转移。因此，卖方可以通过向提起诉讼要求买方承担违约责任来维护自己的权益。但要注意的是，卖方需要有足够的证据证明房屋款项确未付清。《民法典》第二百零九条。不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。