农村自建房会被法院执行。依据我国相关法律的规定，农村自建房屋如果不是被执行人生活必需的房屋，人民法院是可以强制执行房屋的，法院一般会对房屋进行拍卖；对被执行人及其所扶养家属生活所必需的居住房屋，人民法院可以查封，但不得拍卖、变卖或者抵债。同时，法院在执行过程中应当留足被执行人及其近亲属的生活必须物品。如果农村唯一的住房被执行，可能会导致该农民永久地丧失宅基地使用权，因此法院对此类房屋应当慎重执行。农村宅基地本身作为集体用地，属于农民集体所有，农民个人只享受使用权，原则上不可以被执行、拍卖，但其上的住房可以依法执行。农村自建房的产权问题。1、农村自建房产权归属：通常农村自建房的产权归属于建房者或土地使用权持有者。2、土地性质影响：农村自建房建设在集体土地上，其性质为集体所有。