物流公司税率是9%。1、物流公司作为的一般纳税人，在提供运输服务时，适用的税率为9%。2、适用税率涵盖公路、铁路、水路、空运和管道运输。3、小规模纳税人的税率为3%。4、开具运输时，票面金额需按照11%的扣除率计算进项税额的扣除。5、货物运输业的由税务机关专门开具。物流公司的税务管理。1、税务登记：物流公司需向税务机关进行税务登记，获取税务登记证。2、管理：物流公司必须使用税务机关认可的，并按规定开具。3、税率应用：物流公司应按照国家规定的税率缴纳税款，如、企业所得税等。4、纳税申报：物流公司需定期向税务机关申报税务，包括月度、季度和年度申报。5、税收优惠：物流公司应了解相关税收优惠，合理享受税收减免。