运输发票的办理流程如下：1、已在税务局办理税务登记证的个人，可以直接申请代开货物运输业增值税专用发票。2、未在税务局办理税务登记证的个人，可以先申请办理临时税务登记，再申请代开货物运输业增值税专用发票，不申请办理临时税务登记的，只能申请代开增值税普通发票。运输费，开票税率11%，根据双方是否是一般纳税人的情况，开普通发票或者专用发票。增值税发票管理的相关规定如下：1、项目填写齐全，全部联次一次填开，上、下联的内容和金额一致。2、字迹清楚，不得涂改。如填写有误，应另行开具专用发票，并在误填的专用发票上注明“误填作废”四字。如专用发票开具后因购货方不索取而成为废票的，也应按填写有误办理。