公司丢失了的处理方法如下：1、普通丢失后，应复印存根联并加盖公章，交给客户入账。同时，财务人员需在登记本中记录相关信息。2、丢失，需前往当地主管税务局确认，报告本公司主管税务局，并重新开具给客户。3、空白丢失，应书面报告税务机关，登报声明作废，并处理电子号码退回或作废手续。4、抵扣丢失，可使用专用抵扣联作记账凭证，由开票方税局开具《丢失专用已报税证明单》，收票方主管税务机关审核同意后入账。公司的管理制度。1、保管：公司应指定专人负责的保管，确保存放在安全、干燥的环境中。2、领用：领用时需填写领用登记簿，并由领用人和负责人签字确认。3、使用：使用前应按规定程序审批，确保每一张的使用都有明确的业务背景。