夫妻分居起诉离婚的办理流程如下：1、到起诉。2、经立案大厅审查符合立案条件，准予立案后，由立案庭发出立案通知书。3、的立案庭受理案件后，将案件移送民事庭，由民事庭进行审理。4、民事庭受案后，向另一方发出传票，要求其在某个时间到庭应诉。5、双方到庭后，由进行调解。6、通过开庭审理，作出准予离婚或不准予离婚的判决。【本文关联的相关法律依据】。《中华人民共和国民法典》。第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。