分居满两年法院不判离婚的理由是分居不是法定的离婚事由。因分居离婚的，必须经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，才可以准予离婚。法律依据。《民法典》第一千零七十九条。夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚。（一）重婚或者与他人同居。（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员。（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改。（四）因感情不和分居满二年。（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。