法律分析：一、厂里上班里面领导私自扣员工款怎么处理。你可以找单位协商，让单位退还克扣的工资。如果协商不成可以去申请劳动仲裁，如果对劳动仲裁结果不满意，你可以去法院起诉。但是记住你要自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。二、克扣工资和拖欠工资应该怎么办。去劳动保障行政部门举报，对于用人单位有克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬行为的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。三、劳动仲裁需要的材料，可以归纳为三类不同的人申请劳动仲裁需要的材料也不同。第一类、申请人是员工的，请提交下列材料。