通过行政程序进行的协议离婚由民政部门主管。在城市，协议离婚的登记管理机关是事处或者市辖区、不设区的市的民政部门，在农村，协议离婚的登记管理机关是乡镇、民族乡的。一、协议离婚的程序流程是什么。协议离婚的主管机关，在城市是市辖区、不设区的市的民政部门；在农村是乡、民族乡、镇的。在婚姻登记机关中，由持有婚姻登记管理员证书的人员从事协议离婚的登记工作。协议离婚的程序流程。1）当事人申请；离婚是一种重要的身份法律行为，当事人离婚，必须双方亲自到婚姻登记机关申请离婚登记，不得委托他人代为办理；协议离婚的，应到一方户口所在地的婚姻登记机关申请离婚登记。2）婚姻登记机关审查。