一、公司税务异常怎么处理。1、公司税务异常的处理方式如下：（1）向主管税务机关提供税务异常情况说明和解除税务非正常状态的正当理由。（2）由税务部门对企业提交的申请进行审核及受理。（3）相关部门调查核实具体情况后，企业进行补充申报、补缴税款、滞纳金、罚款等对应操作，即可解除企业非正常税务状态。2、法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条。因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金；有特殊情况的，追征期可以延长到五年。