运输合同纠纷的处理原则：单一运输工具按不同工具确定管辖法院；联合运输根据情况，如与海事有关则由海事法院管辖，与铁路运输有关则由铁路运输法院管辖；水运和铁路运输并存时，当事人可选择法院管辖。根据《民事诉讼法》第二十七条，铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷由始发地、目的地或被告住所地法院管辖。法律分析；在遇到运输合同纠纷时，处理的基本原则是。1、如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院。2、如果是采取联合运输，根据具体情况，如与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关，则由铁路运输法院管辖。3、在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，可以由当事人选择法院管辖。