深圳市口岸办二级巡视员是正厅级。解释如下：深圳市口岸办是深圳市人民政府直属机构，主要负责全市口岸相关的管理工作。二级巡视员是中华人民共和国公务员的一种职级，属于较高的领导职务层级。在行政级别上，二级巡视员一般对应的是厅局级正职。因此，深圳市口岸办的二级巡视员级别应为正厅级。这一职级的公务员在政府机构内享有较高的地位和职权，负责监督、检查、指导等工作，对于深圳市的口岸管理工作具有重要的领导和指导作用。由于二级巡视员属于较高的领导职务层级，其在深圳市口岸管理领域具有重要的影响力，负责督导和指导各项工作，确保政策的贯彻执行以及各项工作的顺利开展。同时，这一级别的公务员也需要承担较高的工作责任，需要具备丰富的管理经验和专业知识，为深圳市的口岸管理工作提供有力的支持和保障。