每年，研究生院承担了中国科学院近70个研究所约1000名硕士生的基础课程和部分专业课程的教学任务，同时也负责中科院京区博士生的公共课程教育。1997年，该研究生院在校研究生总数达到了1230人。研究生院设有数学、物理、化学、计算机科学、无线电电子学、生物、地学、外国语言、人文社会科学、管理学等十个教学部，以及体育教研室和计算中心。此外，还与中科院各研究所和高校紧密合作，共开设了352门研究生课程，其中250门为学位课程。研究生院设有信息安全国家重点实验室、认知科学开放实验室及与北京医院合作的“脑认知成像中心”等科研机构。同时，还设有中科院英语培训中心、理论物理研究所、管理决策与应用数学研究所、应用化学研究所等十个科研机构。