企业扣留人事档案是不合法。企业职工档案是企业劳动、组织、人事等部门在招用、调配、培训、考核、奖惩、选拔和任用等工作中形成的有关职工个人经历、政治思想、业务技术水平、工作表现以及工作变动等情况的档案材料。这是历史地、全面地考察职工的依据，是国家档案的组成部分。劳动者辞职，必须提前30天以书面形式通知用人单位，这是劳动者履行解除劳动合同的法定义务。提交书面通知后，劳动合同在30天后自行解除，公司应当与劳动者办理解除劳动合同的手续，不应扣留劳动者的档案，也不应以扣留档案的做法迫使劳动者缴纳违约金。