员工擅自扣押公司车辆亦是违法行为。在法律层面上，公司对员工的扣款应有明确且合法的依据，例如员工违反了经合法程序制定并公布的规章制度，且该制度明确规定了扣款的具体情况与标准。员工扣车的行为往往被视为侵权行为，因为车辆的所有权属公司，员工无权擅自扣留。此举可能使员工需承担相应的民事赔偿责任，甚至可能触发治安管理处罚法的相关条款，情节严重者还可能构成刑事犯罪。因此，我们建议双方应寻求合法途径，如劳动仲裁或诉讼来解决纠纷。