原先，这部游戏是由小岛工作室直接负责，游戏专注于隐秘行动，在格斗场面的设计上也巧妙地运用了一些技巧。而自白金工作室接手负责后，《合金装备崛起：复仇》就更专注于动作元素。本作原本计划是讲述雷电在《合金装备2》和《合金装备4》之间的一段时间内发生的事情，但是白金工作室参与进来之后，为了有更广阔的开发空间，将本作的故事时间移动到《合金装备4》结束的几年之后：强化骨骼在世界上飞速发展，产生大量生化电子人，影响了整个世界。另外，部分人认为本作是使用了FOX引擎，也就是《合金装备5》的游戏引擎。然而，白金工作室使用的其实是与《猎天使魔女2》相同的引擎，从画质上可以看出明显区别。