1、治疗不同：费城染色体阳性可以应用甲磺酸伊马替尼等药物进行治疗，这些药物可以针对费城染色体上的异常基因进行干预，而费城染色体阴性不能使用这些特定药物进行治疗。2、临床意义不同：费城染色体阳性可以作为慢性粒细胞白血病诊断的依据，费城染色体的存在可以帮助医生确认该疾病的类型。费城染色体阳性还可以用于区别在临床上相似，但费城染色体为阴性的其他血液病，如骨髓纤维化。而费城染色体阴性表示在该疾病中没有检测到费城染色体的存在。3、预后不同：费城染色体阳性的患者在接受合适治疗的情况下，通常预后相对较好。而费城染色体阴性的患者对治疗的反应较差，预后相对较差。