员工补卡行为合法与否取决于多方因素，例如原因为何以及公司相关规定如何规定。倘若员工因其自身合理原因（如设备故障或突发事件）进行补卡，并且公司的规章制度中对此类情况有着明确规定，则通常并不视为违规行为。然而，若是员工不知缘由地频繁补卡，那么可能就会触犯到公司的考勤管理规定。在处理此类问题时，首先需要查阅公司内部的考勤制度是否对此有所规定。若已做具体要求，便按照规定执行，可能涉及到警告或者扣除绩效工资等措施。若制度并未明确规定，我们将与员工进行深入交流，了解实际情况，判断补卡行为的合理性，然后再做出相应的处理决策。此外，公司还应该进一步完善考勤制度，明确补卡的条件、流程以及违规行为的处理方法，以防此类纠纷再次发生。