法院查封按揭房屋的流程主要包括以下步骤。首先，申请人需要向法院提出查封申请，并详细说明查封的理由、目的和范围。法院会对这一申请进行审查，核实申请人提供的证据和资料，确保查封的合法性和必要性。接着，一旦法院决定实施查封，会向相关部门发出协助执行通知书。这份通知书中会明确被查封房产的具体信息、查封期限等关键内容。国土房产部门在收到协助执行通知书后，会按照法院的要求对指定房产进行查封操作。在查封期间，被查封的房产将无法进行买卖、转让等交易行为，以保障债权人的合法权益。随后，法院会向被查封房产的所有人或使用人发出查封通知书，正式告知其房产已被查封的事实和原因。收到通知书的当事人有权提出异议，但这并不影响查封措施的执行。