万佛塔的每一层都有其独特的主题。地下一层是舍利地宫，象征着佛的遗骸。第一层的主题是释迦牟尼佛，象征着智慧与慈悲。第二层是大慈弥勒菩萨，象征着宽厚与仁爱。第三层则是大悲观音菩萨，代表着怜悯之心。第四层是大愿地藏菩萨，象征着对众生的深切关怀。第五层是大智文殊菩萨，象征着智慧之光。第六层是大行普贤菩萨，象征着大行与大愿。第七层是西方三圣，包括阿弥陀佛、观世音菩萨和大势至菩萨。第八层代表西方极乐世界，象征着无尽的和平与幸福。第九层是东方三圣，包括药师佛、日光菩萨和月光菩萨。第十层代表东方净琉璃世界，象征着光明与希望。第十一层是法华世界，象征着真理与法的显现。第十二层是华严世界，象征着广大与圆满。第十三层是华严三圣，包括毗卢遮那佛、文殊菩萨和普贤菩萨。