申请高层次人才认定的程序如下：对于《南宁市高层次人才认定参考目录》(2019年)中已明确具体参考标准的人才，认定程序包括个人申请、单位推荐、公示及审核、认定四个阶段。个人需向所在单位申请，填写《南宁市高层次人才认定申请表》，并提供相关证明材料。单位负责核验申请人各项条件，符合条件的出具推荐意见，连同相关材料报送市“一站式”服务中心。服务中心对申报材料进行核验，符合条件的在门户网站公示7天。公示无异议的，报市人社局审核；有异议的，由市人社局核验查证，核查有问题的不予认定。