中心下设办公室、流行病科、慢性病科、艾滋病防治科、监测科、检验科、健教室等多个业务部门，其主要工作包括计划免疫、传染病防治、公共场所卫生监测、从业人员体检、美沙酮药物门诊、职业卫生、实验室计量认证、健康教育、糖尿病、癫痫、高血压、精神病管理、生活饮用水水质监测和重点传染病防治等。贵阳市花溪区疾病预防控制中心还承担着贵阳市职业护理学院的实习基地职责，进行科研和教学工作。在人员方面，中心现有35名编制，包括2名管理人员、32名专业技术人员和1名工勤人员。其中，副高职称2人，中级职称11人，初级职称14人。中心拥有1名研究生，14名本科毕业生，12名专科生，以及1名高中及以下学历的员工。