工程合同金额是指根据合同规定，承包人在完成工程任务后应得的工程款总额。而合同净值则是指工程合同金额减去合同规定的各项扣款（如保证金、质保金、违约金等）后的净额，也就是承包人实际可以收到的工程款金额。因此，工程合同金额和合同净值之间的关系是：工程合同金额是承包人应得的工程款总额，而合同净值是承包人实际可以收到的工程款金额。在签订工程合同时，双方应当明确各项扣款和支付方式等条款，以确保工程款的支付和结算能够顺利进行。