（一）在管理办法上，“中低价房”已有政府规章予以详细规定，而“经济适用房”因为带有一定的社会保障的性质，因此仍采用相对灵活的管理方式。（二）二者满足的客户群体是不一样的，“经济适用房”是解决弱势群体的住房问题，而且对于购买经济适用房的群体设置了严格的限制条件；而“中低价房”是国家提倡大量供给的一种房屋类型，有“调整住房结构”的作用，对于购买“中低价房”的用户的门槛限制相对较低。（三）在转让方面，二者均有“5年内不得转让”的限制，但“中低价房”的限制更为严格，即使获得产证满5年，亦不得向普通公民个人转让，而是由政府职能部门回购；而“经济适用房”的“试行办法征求意见稿”规定，虽然政府部门有“优先回购权”，但“经济适用房”并非不得上市转让；在政府部门批准的前提下，亦可向他人转让。