中国医学科学院和北京协和医学院之间存在着紧密的院校一体关系。北京协和医学院的正式名称是：中国医学科学院北京协和医院，它起源于1956年，是中国独一无二的国家级医学科学和综合性研究的重要机构。作为中国医学科学院的一部分，北京协和医学院已发展成为集医、教、研、防、产为一体的综合性医学研究基地，拥有23个研究所、6家医院、7所学院和众多创新单元。它的科研实力强大，拥有两院院士24人和国家杰出青年39名，其中包括4个国家“双一流”学科，6个教育部A类学科，以及一系列国家级科研平台，如5个国家重点实验室、5个国家临床医学研究中心和8个其他国家级基地。