副主任科员和副科级干部之间存在一些关键差别，主要体现在职务性质和待遇上。首先，"副主任科员"是一个职务名称，属于非领导职务，而"副科级"则是一个职级名称，涵盖了副科长和副主任科员在内的职位。这意味着副主任科员虽然在层级上低于副科长，但并非仅仅是科员的升级，而是国家公务员体系中的职级。在待遇方面，副主任科员虽然被称为副科级，但其待遇并非仅限于副科级，而是根据国家公务员的职级体系来确定，有自己的编制和相应的福利。从科员晋升到副主任科员，实质上是职务晋升，不仅仅是级别的提升。