提取质粒DNA的过程中，不同溶液起着关键作用。首先，溶液2，主要由NaOH和SDS组成，用于细胞裂解。NaOH会与空气中的二氧化碳反应生成碳酸氢钙，影响效果，所以需现配现用。SDS在低温下容易沉淀，但只需在37°C的水浴中稳定。这里NaOH的控制尤为关键。溶液1则用来使菌体细胞充分分散，但作用不大，可选择性省略。它的重要性在于促使细胞膜破裂，释放出核酸，这是溶液2的主要目标。溶液3是酸性钾盐溶液，其主要任务是中和碱性环境，同时沉淀出SDS。在这个过程中，除了SDS，蛋白和大段线性DNA也会被沉淀。这一步骤对于后续纯化质粒DNA至关重要。