蛋白质工程的核心在于DNA指导蛋白质合成的过程。通过设计和修改负责编码特定蛋白质的基因，科学家能够创造出符合特定要求的蛋白质。这一过程不仅涉及对基因序列的精确修改，还包括对蛋白质结构和功能的精确调整。这种技术上的灵活性使得蛋白质工程能够在很大程度上满足不同行业的需求，特别是在医药、农业和工业等领域。由于蛋白质工程建立在基因工程的基础之上，因此在技术上与基因工程有许多相似之处。基因工程主要关注DNA的操作和改造，而蛋白质工程则更侧重于通过基因改造来实现蛋白质性质的优化。这种相似性使得蛋白质工程可以被视为“第二代基因工程”。与传统基因工程技术相比，蛋白质工程不仅能够改变基因的功能，还能够直接改变蛋白质的物理和化学特性，从而创造出全新的生物分子。