上海市水务局，为市政府组成部门，上海市海洋局与上海市水务局合署办公。机关内设机构有：（一）办公室（二）政策法规处（三）综合规划处（四）计划财务处（五）建设管理处（农村水利处）（六）水资源处（市节约用水办公室）（七）滩涂海塘处（八）海域海岛管理处（九）海洋环境保护处（十）防汛和安全监督处（十一）科技信息处（十二）水土保持处（十三）组织人事处按有关规定设置纪检监察机构和机关党委。下属事业单位有：上海市水务业务受理中心、上海市水利管理处、上海市供水管理处、上海市排水管理处、上海市堤防（泵闸）设施管理处、上海市水文总站、上海市水务规划设计研究院、上海市供水调度监测中心、上海市防汛信息中心、上海市海洋管理事务中心等。