扣发员工薪资充当小金库的行为属于违法。此举严重违背了现行《劳动法》及相关劳动法律法规对工资支付原则的限定。工资须按照月度为周期，以货币结算方式支付给劳动者个人，不得随意克扣或无故拖欠。企业若要扣除员工工资，必须具备合法的理由，例如员工违反可公开查询且合理设计的公司管理条例。反之，擅自扣发员工工资且建立小金库，劳动者完全有权让企业全额赔偿已被扣除的工资，甚至可以向劳动监察部门进行投诉或申请劳动仲裁。同时，企业也可能面临行政处罚。