根据我国的劳动法律法规，员工双休日的存休不应被清零，因为违反了相关规定。加班所积累的存休应当依法保留并妥善安排调休，倘若用人单位未经员工允许便擅自清零存休，无疑侵犯了劳动者的休息权。但在实际操作中，需考虑用人单位是否与员工就存休的处理方法做出明确约定，以及是否存在特定行业规定或集体合同的约束。然而，一般而言，如无合法有效的协议或规定支持清零存休，用人单位须承担相应法律责任，员工有权维护自身合法权益，如索要相应的加班工资等。