1919年，中国北方遭遇严重旱灾，农作物绝收，灾民遍地。清水安三号召人们出资赈灾，建立灾童收容所。他每天驾驶马车前往灾区收养灾童，总共收养了近800名儿童。崇贞女子学园的创建初衷便是为了拯救这些不幸的女童。清水安三与妻子清水美穗共同致力于学园的发展，直至1921年5月28日，崇贞学园正式成立，开启了陈经纶中学的历史。1949年中华人民共和国成立后，学校被北京市教育局接管并更名为北京女四中，但仅招收女生。清水安三夫妇则回到日本，将崇贞学园复校于东京，成立樱美林学园（樱美林大学）。1954年，学校被市政府定为北京市重点中学。1976年，北京女四中改名为朝阳中学。1991年，香港企业家陈经纶捐赠人民币2000万，用于翻新旧校园，并促使学校被命名为北京市陈经纶中学，开始招收男生。