第一部分是“农桑通诀”，这部分总论了农业的各个方面，涵盖了从耕作技术到农业管理的全面内容。第二部分是“农器图谱”，详细列举了与农业相关的各种工具，并附有300多幅图谱进行说明。这些图谱无论在数量上还是质量上都是空前的，开创了我国农器图谱的先河。第三部分是“名谱”，包括了农作物、果蔬、竹木以及散早芦木的栽培各论，提供了对这些植物的具体栽培方法的详细论述。此外，《王祯农书》还提出了水的综合利用观念，将灌溉、航运、水利利用以及水产养殖等方面结合起来进行统筹规划。书中还设想了兴修水利的条件和远景规划的蓝图。总体而言，《王祯农书》是我国农学史上的一部承前启后的专著，对后世的农学发展产生了深远的影响。