在实际操作过程中，通常会将协议中的房屋补偿款一次性付清，而其他奖励及补贴或过渡费用则在腾空验收后支付。合同中会明确约定违约责任，例如若被征收方未按协议约定时间搬迁，则可以取消其奖励或补贴等，以此来确保双方能够公平公正地履行各自的权利和义务。政府将补偿款分两次支付，其中一次支付补偿款的50%，这种说法并不准确。在实际操作中，通常会一次性支付全部补偿款，并在腾空验收后支付其他奖励及补贴或过渡费用。这样做可以确保被征收方有足够的时间准备搬迁，同时也能避免因多次支付而增加的复杂性和不确定性。