在1989年，孔令辉获得了全国少年乒乓球赛和亚洲少年乒乓球赛男子单打冠军。1996年，他获得了中国乒协杯男双(与刘国梁)、男单冠军。2001年，孔令辉在第46届世乒赛上获得了男团冠军，男单和男双亚军。2005年，他在卡塔尔公开赛中赢得了男双冠军，并与王皓共同赢得了48届世乒赛男双冠军。2006年，孔令辉宣布退役，之后担任中国女子乒乓球队教练。2013年，他正式担任中国女子乒乓球队主教练。然而，在2017年5月30日，中国乒乓球协会决定暂停孔令辉的中国女乒主教练职务，要求他回国接受进一步调查和处理。孔令辉的职业生涯充满了辉煌，他的努力和贡献为中国乒乓球界做出了重要贡献。尽管他在担任主教练期间遇到了一些波折，但他的名字在中国乒乓球史上留下了深刻的印记。