GIST主要发生在胃部，约占60%到70%，其次是小肠，约占20%到30%，结直肠和食管的发病率较低，分别不到5%。在早期阶段，良性或早期的GIST患者通常没有症状，少数患者可能会有一些非特异性的病征。无症状患者肿块的中位直径约为1.5厘米，而有症状患者的肿块中位直径则约为6.0厘米。症状的出现与肿瘤的位置和大小密切相关。消化道出血和触及肿块是常见的症状，尤其是腹痛、包块及消化道出血。间质瘤如果发生在腹腔内，肿块通常较大；如果发生在食管，则会出现吞咽困难；如果发生在胃肠道，则除了疼痛、包块及出血外，还可能出现胃肠梗阻、穿孔、腹膜炎以及腹水等症状。