大堡礁在名称上给中国游客带来一些误解，很多人认为这是去海岛度假的地方，然而事实并非如此。大堡礁的主体部分和最精彩、最值得观赏的部分都在水下。虽然在大堡礁区域有许多由珊瑚礁形成的小岛，风景也不错，但来大堡礁旅游的主要目的是观赏绚丽多彩的水下世界。这个神秘的水下世界居住着许多稀有的动物，有色彩斑斓、形态各异的软、硬珊瑚群，令人眼花缭乱的热带鱼，有体形庞大但性格温顺的福寿鱼，有悠闲自在的大海龟，有肉色为青紫色的巨型海蚌，还有蓝色的海星和肥胖的黑色、红色海兔、白色的海参等等。喜欢好莱坞电影《海底总动员》的游客可以在这里亲眼近距离观察到电影中的几乎每一个角色。例如，生活在软珊瑚里的小丑鱼尼莫一家，那个说话喋喋不休的刺尾鱼“叨瑞”，绿海龟等等。因此，观赏大堡礁还有潜在的时效限制，机不可失，失不再来