故事讲述了小樱和小狼来自玖楼国（在日文中，《魔卡少女樱》的大魔法师“库洛”与“玖楼”是同音），因为一次未知原因的意外，令小樱（即玖楼国公主）的记忆羽毛四散至不同的空间。而法伊和黑钢为了各自的原因（其实都是飞王的阴谋，可以在看完全部动画后看东京默示录了解，不过这只是部分，法伊的故事在后面的色雷斯国故事中会详细说明），与小樱和小狼一起进行穿梭在不同异世界的旅程，寻找小樱的羽毛。《翼》的背景设定在《魔卡少女樱》之后，但与原作剧情并无直接联系。它讲述的是主角们如何面对成长的挑战和未知的冒险，探索不同的世界，寻找各自的命运。虽然主角们的名字和外貌与《魔卡少女樱》中的角色相似，但故事背景和情节完全不同。