1、职能不同：烟草局营销部是烟草局的职能部门，主要负责烟草生产、销售和管理方面的工作，包括市场开拓、销售管理、客户服务等。而分公司是烟草局下属的地方分支机构，负责在一定地区内的烟草销售管理、市场维护等工作。2、组织结构不同：烟草局营销部通常属于烟草局总部，直接向烟草局领导汇报。而分公司则通常是设立在省、市、县等地，有自己的组织结构和管理体系，向地方政府和烟草局汇报。