1、目的不同：BT手术是一种在麻醉或镇静状态下，经支气管镜的介入手术，手术通过温度控制的射频能量，去除气道壁上发生病理性增生的平滑肌，从而缓解气道收缩狭窄状况，改善通气功能，而双向格林手术是复杂性先天性心脏病的姑息手术治疗方式，主要用于治疗右心发育不全类疾病。2、方式不同：BT手术是通过支气管镜进行的一种介入手术，射频能量来缓解气道狭窄，而双向格林手术是将上腔静脉切断，缝闭近心端，远心端与右肺动脉行端侧吻合，以达到治疗目的。