1、机制不同：烟台开发区实行“一个平台、一个主体、一套班子、多块牌子”的架构，依法依规设置新区管委会，管理机构设置和人员编制遵循精简、统一、高效的原则，严格控制总量；而黄渤海新区作为省级新区，承担重大发展改革任务的综合性平台，可更好促进人才、资金、信息等要素资源跨区域流动，有效破除行政壁垒和机制障碍。2、不同：烟台开发区是烟台市根据国家有关在烟台渤海新区内规划建设的一类战略性产业区，主要致力于促进当地经济发展、促进科技创新和技术改造；而黄渤海新区是一类新型产业区，主要为渤海新区的发展提供投资和支持。