1、形态结构不同：草鞋的身体短，步足特别细长，当草鞋的一部分足被捉住的时候，这部分步足就从身体上断落下来，使身体可以逃脱，而蜈蚣身体扁平长条形，身体分头和躯干部两部分，脚部结构特殊。2、毒性不同：草鞋底本身有微毒，由口器的尖刺喷出，可入药，以捕食小昆虫为生，而蜈蚣含有毒性，被蜈蚣咬伤后，会出现畏寒、发热、恶心、呕吐、头痛、头晕、昏迷，甚至惊厥及局部红肿、疼痛等症状。