机械工程学院、化学与化工学院、电子工程与光电技术学院、计算机科学与工程学院（人工智能学院）、经济管理学院、能源与动力工程学院、自动化学院、理学院、外国语学院、公共事务学院、马克思主义学院、材料科学与工程学院/格莱特研究院、环境与生物工程学院、设计艺术与传媒学院、知识产权学院、网络空间安全学院、智能制造学院、新能源学院、数学与统计学院、微电子学院（集成电路学院）、安全科学与工程学院（应急管理学院）等21个专业学院，以及钱学森学院、中法工程师学院、国际教育学院、创新创业教育学院、继续教育学院，并与合作方联合创办了南京理工大学紫金学院和南京理工大学泰州科技学院2个独立学院。