宝马更换水晶档把不会影响编程。可以按照以下步骤进行更换。1.连接编码设备：将编码设备连接到宝马汽车的OBD接口上，并启动编码软件。2.扫描车辆信息：在编码软件中选择“扫描”或“诊断”等选项，通过扫描车辆信息，获取当前的配置和参数。3.选择水晶档配置：在编码软件中选择“水晶档”或“换挡杆”等选项，并根据所购买的水晶档类型进行设置。4.编码确认：在编码软件中确认编码参数，并进行保存和上传，直到编码成功并得到反馈信息。