药学专业培养具有扎实的药学、医学基础理论和专业知识及相关社会科学知识，具有较强的药学、医学实践和人际交流能力，具有良好的职业道德和人文素养，具有创新、创业精神，能够从事临床药学日常工作、临床药理研究、药品管理、药物研究与开发、社会药房管理、医药营销、药品检验、药事管理等方面工作，融药学与医学为一体的复合型医药学人才。药学院目前有硕士研究生导师近70人，涵盖了药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学等不同二级学科研究方向。学院可招收全日制学术硕士、全日制药学专业硕士和非全日制药学专业硕士，每年招生约60人。药学是上海交通大学“211”和“985”工程的重点建设学科，药学一级学科下设有药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学等6个二级学科研究方向。