1、隶属关系不同：市直学校隶属市教育局，区直学校隶属县区教育局。2、工资待遇不同：市直学校是市财政出资，区直学校是区财政出资。3、教育资源不同：区教育局直属学校一般收的是学校所在区的学生，市教育直属学校是面对全市学生择优录取，市教育局直属学校的硬件、软件配置和办学规模方面可能比区教育直属学校更多。4、教育经费拨款渠道不同：市直小学由市财政拨款，市属小学由县区财政拨付。直属学校一般由教育部门直接管理的学校，财权人权由教育行政部门直接掌控。5、单位级别不同：市直学校高于市辖的区直学校，如果是地区的不同，直辖市（自治区）直>副省级城市市直>地级市市直=直辖市的区直>地级市区直=县级市的市直。