交通肇事罪适用轻微刑事案件赔偿保证金提存制度，其原因有以下几点。1.保障被害益：通过提存赔偿保证金，可以确保被害人得到充分的赔偿，避免因被告人力赔偿而导致被害人的权益得不到保障。2.提高诉讼效率：如果被告人有足够的赔偿能力，可以在庭审前将赔偿保证金交至指定账户，从而加快案件审理进度，提高诉讼效率。3.减轻被告人家属负担：如果被告人被判刑入狱，则其家属可能需要承担更多的经济责任和法律义务，而通过提存赔偿保证金则可以减轻这些负担。4.促进社会和谐稳定：通过该制度的实施，可以使当事人双方在庭外和解，减少矛盾和对立情绪，有利于社会的和谐稳定。