事故死亡39人和40人的区别是人数不同。根据《中华人民共和国侵权责任法》查询显示：死亡39人比死亡40人多一个任死亡，在法律上死亡30人以上就已经属于特别重大事故了，39人死亡与40人死亡除了人数不一致在法律上没有其他区别。死亡，是指生命的消失。根据《关于做好交通事故统计工作的通知》规定：死亡是以事故发生7天内死亡为限，即7天内死亡的，按死亡事故统计。7天后死亡的，则不作死亡事故统计。交通事故的伤者在7天以外死亡的，虽然在统计上不作为重大交通事故统计，但对事故责任人的法律责任追究却不受死亡时间的。