1、运营模式：京东自营店是由京东公司自己运营的，商品的采购、定价、销售等环节都由京东负责，而官方旗舰店则是品牌官方自己或官方有独占授权的店，由品牌方自主运营。2、商品储存：京东自营店的商品储存在京东自己的仓储中心里，而京东官方旗舰店的商品则储备于商家自己的仓库里。3、物流配送：京东自营店采用京东自己的物流系统，配送速度快，可以实现次日达或当日达，而官方旗舰店则使用第三方物流，配送速度相对较慢。4、京东自营店是京东商城的一种店铺类型，代表了京东本身作为服务主体和保障的店铺，在这种模式下，京东负责商品的采购、库存管理、定价策略、促销活动以及售后服务等环节，换句话说，京东自营店类似于京东自己经营的网店，商品直接来源于京东的仓库，并由京东的物流系统进行配送。